Neues von der Rechenanlage Biochemie
EMBnet-Knoten ausgebaut

von Martin Grabner (Ausgabe 97/2, Juni 1997)

 

Die Rechenanlage Biochemie des EDV-Zentrums der Universität Wien verwaltet und betreibt als internationales Service den österreichischen EMBnet-Knoten (EMBnet = European Molecular Biology Network). Seit der offiziellen Anerkennung als nationaler EMBnet-Knoten im März 1993 konnte das Serviceangebot kontinuierlich verbessert werden, was angesichts der hohen Wachstumsraten im Bereich der biowissenschaftlichen Datenbanken (und der damit gestiegenen Anforderungen an die EDV-Infrastruktur auch bezüglich Benutzerkomfort, Geschwindigkeit, Komplexität der Datenanalysen usw.) nur durch vorausplanendes Investieren in leistungsfähige Rechnersysteme und Netzwerkstrukturen möglich war.

Eine wichtige Investition diesbezüglich setzte das EDV-Zentrum durch den Ankauf eines DEC 3900 AXP-Server im Jahr 1995 (siehe Comment 95/3). Nicht nur um das Ausscheiden des veralteten Einstiegssystems, ein DECsystem 5900, zu kompensieren, sondern auch um die Qualität des EMBnet-Service weiterhin gewährleisten bzw. steigern zu können, wurde im Frühjahr 1997 der DEC Alpha 1000A 5/400-Server angekauft. Nachdem der neue Alpha-Server in Betrieb genommen wurde, mußten die Serverdienste (WWW, XNDT, SRS, DNS, User-Service) nicht mehr auf ein einziges System konzentriert werden. Dadurch stehen wieder deutlich mehr Ressourcen für den Anwender zur Verfügung.

Neben den zusätzlichen Ressourcen ist auch die Rechenleistung des neuen Prozessors höher: Die Taktfrequenz des Prozessors vom Typ 21164A liegt bei 400 MHz und somit um 45% über der Taktrate des Prozessors des bestehenden Systems. Die Ausstattung mit 512 MB Hauptspeicher erlaubt ein zügiges Indizieren der aufliegenden Datenbanken und führt damit zu einer besseren Verfügbarkeit der Daten.

Im Anwenderbereich werden besonders die Rechenzeiten häufiger und rechenintensiver Strukturvergleiche von DNA und Proteinen sowie phylogenetische Analysen deutlich verkürzt.