Neues vom Alpha-Cluster

von Peter Marksteiner (Ausgabe 96/1, Jänner 1996)

 

Seit September 1995 laufen alle Maschinen im Alpha-Cluster unter dem Batchsystem VQS. Damit ist die Umstellung auf den Produktionsbetrieb abgeschlossen. Erfreulich ist, daß der Cluster recht stabil läuft, von gelegentlichen "Abstürzen" abgesehen, die vor allem auf Probleme mit dem Betriebssystem zurückzuführen sind. In Zusammenarbeit mit DEC können diese Probleme hoffentlich bald gelöst werden.

Die im letzten Comment vorgestellte Version 2 des "Vienna Queueing System" (VQS) funktioniert zufriedenstellend und wurde daher im wesentlichen unverändert beibehalten. Es gab lediglich einige kleine Konfigurationsänderungen: So werden z.B. mehr Jobs in der Klasse X und weniger in der Klasse L gerechnet, um der großen Nachfrage an X-Jobs gerecht zu werden. Einige kleine Fehler im Batchsystem (etwa das intermittierende "Verschwinden" von Jobs) konnten behoben werden.

Neue Software

Gaussian 94

Gaussian 94, die neueste Version des umfangreichen quantenchemischen Programmpakets Gaussian, steht nunmehr auf dem Alpha-Cluster zur Verfügung. Es enthält einige neue Methoden und etliche Verbesserungen und Erweiterungen, vor allem bei Dichtefunktionalmethoden. Eine detaillierte Liste der Unterschiede zwischen Gaussian 94 und der bisherigen Version Gaussian 92/DFT findet man im Handbuch Gaussian 94 User's Reference, welches bei Peter Marksteiner entlehnt werden kann. Es wird allen Benutzern empfohlen, auf die neue Version umzusteigen. Gaussian 92/DFT steht aber bis auf weiteres noch zur Verfügung: Erst wenn Gaussian 94 längere Zeit problemlos läuft, wird Gaussian 92/DFT - nach entsprechender Vorankündigung - gelöscht werden.

MATLAB

MATLAB ("matrix laboratory") ist ein Softwarepaket für "High-Performance Numeric Computation and Visualization" und besonders geeignet für Matrixoperationen: Aufgaben wie Matrizenmultiplikation, Faktorisierung, Eigenwertprobleme usw. können mit MATLAB schnell und effizient gelöst werden. MATLAB unterstützt auch etliche andere mathematische Funktionen (z.B. numerische Integration, gewöhnliche Differentialgleichungen, Datenanalyse, Optimierung) sowie 2D- und 3D-Graphik. Der Aufruf erfolgt mit dem Befehl matlab, Hilfe gibt es mit man matlab bzw. mit den MATLAB-Befehlen intro, demo und help.

Die MATLAB-Lizenz erlaubt nur zwei gleichzeitig aktive Benutzer, der dritte erhält die Fehlermeldung Maximum number of users for MATLAB reached. Try again later. Deshalb sollte jede MATLAB-Session nach Beendigung der Arbeit unverzüglich mit quit beendet werden, um die Lizenzen nicht unnötigerweise zu blockieren. Falls die vorhandenen Lizenzen nicht ausreichen sollten, können vom EDV-Zentrum zusätzliche Lizenzen angeschafft werden.

Für spezielle Aufgabengebiete gibt es Zusatzpakete zu MATLAB, sogenannte Toolboxen. Am Alpha-Cluster sind zwei dieser Toolboxen, "Signal Processing" und "Image Processing", installiert. Auch diese können von maximal zwei Benutzern gleichzeitig verwendet werden.

QCLDB Release '95

Die "Quantum Chemistry Literature Database" (siehe Comment 95/2 ) wurde um 3300 Literaturzitate aus den Jahren 1993 und 1994 erweitert und enthält nunmehr insgesamt 29345 Einträge.

Parallelrechnen

Der DEC Fortran 90 Compiler enthält den Großteil der parallelen Programmiersprache "High Performance Fortran". Auch die KAP-Präprozessoren für C und Fortran können Programme parallelisieren. Um ein paralleles HPF-Programm ausführen zu können, benötigt man das "Digital Parallel Software Environment" (PSE). Zusätzlich muß eine "Farm" definiert werden: Üblicherweise besteht eine Farm aus mehreren Rechnern, im einfachsten Fall aus einem einzigen Rechner mit mehreren Prozessoren. Auf einigen Maschinen im Cluster ist eine solche "Single-Host Farm" definiert. Wer die Parallelisierungsmöglichkeiten ausprobieren will, möge sich an Peter Marksteiner wenden. Kurzfristig kann auch eine Maschine (unter Umständen auch mehrere) dediziert für Parallelrechnen zur Verfügung gestellt werden. Wie bereits im letzten Comment angekündigt, bleibt Parallelrechnen bis auf weiteres auf Experimente beschränkt; im Produktionsbetrieb werden ausschließlich serielle Batchjobs gerechnet.

Dokumentation

Ein ausführliches Handbuch Using the Alpha Cluster at Vienna University Computer Center ist mittlerweile erschienen. Das Handbuch enthält u.a. eine Beschreibung der Hardware und der Cluster-Konfiguration, eine Liste der Softwareprodukte sowie eine detaillierte Beschreibung des Batchsystems VQS mit zahlreichen Beispielen und praktischen Hinweisen. Das Handbuch ist in der Servicestelle des EDV-Zentrums kostenlos erhältlich oder kann (in PostScript-Format) über anonymous FTP bezogen werden. Zusätzlich kann es auch online über WWW gelesen werden.